Am 19.6. 1869 zog Nietzsche nach Basel, nachdem er auf einen Lehrstuhl für klassische Philologie an die dortige Universität berufen wurde. Zudem oblagen ihm ebenfalls Lehrverpflichtungen am Pädagogium.
Er wohnt zunächst im Spalenthorweg 2 bevor er Anfang Juli 1869 die sogenannte „Baumannshöhle" im Schützengraben 45 (heute 47) bezieht.
Von Oktober 1876 bis September 1877 läßt sich Nietzsche aus Krankheitsgründen beurlauben und unternimmt seine erste große Italienreise mit einem längeren Aufenthalt in Sorrent.
Die Wiederaufnahme seiner Lehrverpflichtungen bringt neue gesundheitliche Probleme. Am 14.6.1879 wird er endgültig gegen Zahlung einer monatlichen Pension aus dem Universitätsdienst entlassen.
Sein Baseler Kollege und Freund Overbeck hielt ihm die Freundschaft über den Tod hinaus und setzte sich stets bei den Behörden für die Verlängerung der Pension ein. Sein Nachlass begründete eine zum Weimarer Nietzsche-Archiv alternative Forschungstradition. Er wird heute von der Baseler Universitätsbibliothek verwaltet.